由于防水卷材和防水涂料的材料組成、外觀形態等的差異，使得材料的特性、施工工藝、適用部位，應用環境各不相同。

優點：

防水卷材——施工方便、工期短、成形后無須養護、不受氣溫影響、環境污染小，層厚容易按設計要求掌握，用材計算準確、施工現場管理方便，不易偷工減料，層厚均勻，空鋪時能有效地克服基層應力（在基層發生較大裂縫時能保持防水層整體性）。

防水涂料——任何復雜基層都可做成連續整體的防水層；設備簡單，施工技術容易掌握。涂料防水層與基層具有100%的粘結面（裂縫、節點等部位使用加強層空鋪法除外）。涂料防水層在可使用年限內的漏水，大多為基層開裂寬度超過防水涂層的可延伸幅度，漏水原因和形成漏水的部位極易發現，保修非常方便，只要少量防水材料修補裂縫和損傷部位即可。高品質的防水涂料可在背水面防水獲得成功。部分防水涂料可在潮濕基層施工并形成防水層。

缺點：

防水卷材——需根據防水基層的形狀而進行量體截衣，對于外形復雜的基層需多塊拼接，防水卷材相互搭接處的粘結難度較大；完全絕對的密封將成為主要難題，漏水隱患最大；防水卷材在施工后的保護和漏水后的維修亦是難題，任何部位的貫穿性破損，脫膠、漏膠（那怕是只有一處），整個與其相連貫層面的防水功能都將全部衰失，如果不能找到破損和缺陷部位，則局部修補就不可能，那么只有重做防水。

防水涂料——涂料需一定時間的物理和化學反應固結后才能生成防水層；部份防水涂料在固化過程中產生有害氣體釋放，對人體有害。有的防水涂料一個防水層的完工需要多遍涂刷，每遍涂刷要有一定的間隔時間，因此防水層的最后完成要較長時間；防水涂料的施工過程中，現場管理顯得十分重要，偷工減料、粗制濫造在管理疏忽的情況下將會有機可乘；涂料防水層厚度是根據施工時的涂布遍數決定的，除了涂布遍數外，涂料本身的固含量是成膜厚度決定因素。